в Нете очень много инфо как правильно подойти к этому, но если коротко:
Снизить вес ходьбой и снижением углеводов и потом переходить к бегу, сразу не бежать быстро или много, по нарастающей по времени, скорости и расстоянию, специальная беговая обувь с амортизирующей подошвой (это дорого), специальные упражнения на мышцы ног, таза и бедер (как правило колени болят только из за мышц, и правильные упражнения снимут боль, на эту тему есть много видео в ютубе от спортивных врачей). И тогда бегать не проблема, а удовольствие.