Пятна черные? Скорее всего "черная пятнистость".
Да, укрывать с листьями нельзя. Надо ждать, когда опадут. Ну или я вручную обрываю. Обычно в конце октября я убираю листву, связываю побеги и пригибаю к земле, окучиваю и присыпаю торфом корень. Укрываю ультрасилом тонким. Когда установятся морозы минус 5 -минус 7, укрываем лапником еще.