Есть в Эмине-Баир-Хосар еще абсолютно заповедная, прикрытая огромным камнем нижняя часть. Несколько залов, доступных только для спелеологов: Мёртвый, Лагерный, Кристальный, Гуровый, Ноктюрн, Свободы, Красных маков, Двадцатилетия Симферопольского клуба спелеологов и Нижний Баир. Последняя галерея особенно защищается от внешних воздействий. Она относится к строго охраняемым пещерам мира. Один раз в пять лет сюда заходит ограниченная группа спелеологов для проведения замеров, и потом ещё пять лет сюда никого не пускают.В 2000 году группа чешских операторов сняла фильм о Нижнем Баире, который называется "Сокровищница Крыма". По мнению специалистов, которые все на свете перевидали, это самая красивая пещера Европы.